W wykazie lotnisk trwale niewykorzystywanych przez MON znalazł się m.in. Port Lotniczy Bydgoszcz. Zdaniem przedstawicieli ministerstwa to szansa na uregulowanie współpracy wojska z bydgoskim portem. Tego samego zdania jest Urząd Marszałkowski, będący większościowym udziałowcem portu.
Projekt wykazu lotnisk wojskowych na razie znajduje się w fazie rządowych uzgodnień, po których przyjdzie czas na konsultacje społeczne, uzgodnienia i zatwierdzenie przez komitety Rady Ministrów, jednak już teraz wiadomo, że najprawdopodobniej nie znajdzie się w nim lotnisko w Bydgoszczy. Tymczasem sam port znajduje się w sporze z MON, domagając się 6 mln zł za współużytkowanie drogi startowej.
Zdaniem przedstawicieli ministerstwa nowe przepisy to paradoksalnie szansa dla samorządu województwa na uporządkowanie stanu formalno-prawnego portu. Podobnego zdania są przedstawiciele Urzędu Marszałkowskiego, którzy przypominają, że obecny wykaz lotnisk jest dopiero w fazie projektowej. Jego ostateczne wejście w życie nie przesądza natomiast o dalszych losach wojskowej części lotniska. Jak przypomina Magdalena Mike-Gęsicka, dyrektorka Departamentu Nadzoru Własciwego, Transportu i Cyfryzacji w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Kujawsko-Pomorskiego, w rozmowie z „Gazetą Wyborczą”, w myśl ustawy o Agencji Mienia Wojskowego rozporządzenie otworzy jedynie drogę do ostatecznego ukształtowania relacji pomiędzy podmiotami zainteresowanymi.
Rozporządzenie jest więc w rzeczywistości szukaniem sposobu na rozwiązanie trwającego konfliktu o pieniądze. Tymczasem w sprawie projektu rozporządzenia wpłynęła interpelacja posła PO Pawła Olszewskiego. Czytamy w niej m.in. że:
„Powszechnie znany jest fakt, że kilka lat temu na terenach Portu Lotniczego Bydgoszcz S.A. stacjonowały jednostki taktyczne. Ponadto MON jest współużytkownikiem pasa startowego Portu Lotniczego Bydgoszcz S.A. Lądują i startują tam między innymi samoloty z podległych MON Wojskowych Zakładów Lotniczych nr 2 w Bydgoszczy. Dotyczy to kilkuset operacji w ciągu roku. Koszty tych operacji ponosi lotnisko.”
Przypominamy, że zaległości w opłatach sięgają kilku milionów złotych rocznie (za ubiegły rok to w sumie 6 mln zł). Mimo deklaracji samego ministerstwa, jak też urzędu marszałkowskiego, bydgoski ratusz w stosunku do zapewnień o chęci rozwiązania konfliktu pozostaje sceptyczny. Artur Niedźwiecki z biura prasowego lotniska w rozmowie z „GW” przyznaje, że to smutne, iż pomimo długoletniej współpracy na warunkach określonych w umowie operacyjnej MON stwierdza, że lotniska w Bydgoszczy nie potrzebuje. I dodaje, że ścieżka, jaką wybrał MON ma uciąć kwestie płatności wynikających z utrzymania terenu przez Port Lotniczy. Z jednej strony bowiem port rzeczywiście będzie zarządzał przekazanym terenem, z drugiej jednak pozostaną kwestie związane z podatkiem od nieruchomości czy opłatami za lądowanie statków powietrznych należących do wojska.