Na początku listopada 2013 roku Komisja Europejska wszczęła postępowanie oceniające, czy przyznanie PLL LOT w sumie około 804 mln zł pomocy restrukturyzacyjnej jest zgodne z unijnymi zasadami pomocy państwa. Jeśli KE uzna, że udzielona pomoc nie była dozwolona, LOT może być zmuszony do jej zwrotu. W ramach postępowania prowadzone są tzw. konsultacje publiczne, w których uczestnicy rynku lotniczego mogą zgłaszać swoje uwagi. Sebastian Mikosz, prezes PLL LOT twierdzi, że to standardowa procedura.
Polskimi liniami zarządza Przedsiębiorstwo Państwowe „Porty Lotnicze” (PPL), na którym LOT ma swoją bazę. Jak przyznał Przybylski w rozmowie z PAP, ewentualny upadek LOT-u miałby bezpośredni wpływ na działalność samej spółki. Wskazał też, że Lotnisko Chopina wspólnie z polskim przewoźnikiem buduje hub, a LOT jest jedyną linią realizującą z Warszawy połączenia dalekiego zasięgu. Stąd potrzeba napisania pisma, popierającego stanowisko LOT o zaakceptowanie przez KE tej pomocy.
Pismo do tej samej instytucji wysłali jednak związkowcy którzy uważają, że PPL lepiej poradzi sobie bez narodowego przewoźnika. Są oni zdania, że skoro lotnisko w Budapeszcie tak szybko odbudowało ruch po upadku Malevu, podobnie mogłoby być w Warszawie. Tuż po upadku węgierskich linii ruch w tamtejszym porcie zmniejszył się o prawie 60 proc., ale po dziesięciu miesiącach spadek wyniósł zaledwie 6 proc. Samo przedsiębiorstwo, PLL LOT i analitycy są jednak odmiennego zdania. „Domaganie się w Brukseli de facto upadłości LOT jest co najmniej niezrozumiałe” - powiedział w rozmowie z PAP Przemysław Przybylski.