Na mocy decyzji Głównego Lekarza Weterynarii z 20 grudnia 2012r. Graniczny Inspektorat Weterynarii w Świnoujściu został włączony w strukturę Granicznego Inspektoratu Weterynarii w Szczecinie, a Graniczny Inspektorat Weterynarii w Hrebennem – w strukturę Granicznego Inspektoratu Weterynarii w Koroszczynie.
Dla portu oznacza to, że do przeprowadzenia weterynaryjnej kontroli granicznej produktów pochodzenia zwierzęcego oraz pasz i pasz leczniczych na przejściu granicznym w porcie morskim w Świnoujściu, właściwym organem jest Graniczny Lekarz Weterynarii w Szczecinie. Jest on również właściwym organem Inspekcji Weterynaryjnej do przeprowadzenia weterynaryjnej kontroli pasz i pasz leczniczych na przejściu granicznym w porcie morskim Kołobrzeg.