Rynek Infrastruktury
W latach 1995-1997 była doradcą ministra sprawiedliwości. Opracowywała strategie rozwoju systemów informatycznych wspomagających wymiar sprawiedliwości, realizowała projekt Centralnego Rejestru Skazanych oraz projekt CORS. W latach 1991-1995 była pełnomocnikiem ministra rolnictwa i gospodarki żywnościowej ds. informatyzacji, opracowywała strategię rozwoju systemów informatycznych wspomagających procesy zachodzące w rolnictwie, kierowała projektami informatycznymi wspierającymi działania służb specjalnych ministra rolnictwa, np. system prenotyfikacji weterynaryjnej, ogólnopolski system rolniczej informacji rynkowej; system informacji o gruntach rolnych.
W latach 1997–1999 była zastępcą dyrektora Departamentu Informatyki BGŻ SA, kierowała ogólnopolskimi projektami informatycznymi.
W latach 1995 – 2007 była arbitrem zamówień publicznych z listy Prezesa UZP. Zdała z wynikiem pozytywnym egzamin do państwowego Zasobu Kadrowego. W kręgu jej szczególnych zainteresowań znajdują się zagadnienia sterowania systemami wielkimi, systemami ekspertowymi oraz audytem i kontrolą systemów informatycznych. Agnieszka Boboli jest założycielką i wieloletnią członkinią władz ISACA - Stowarzyszenia do spraw audytu i kontroli systemów informatycznych.